Elle a exprimé sa perplexité devant le débat public qui s'est ouvert au sein de la majorité gouvernementale concernant l'éventuelle modification de la loi de 1905", sur la séparation de l'Eglise et de l'Etat. La Fédération protestante s’estime « victime collatérale des craintes islamiques ou anti-sectes". Pour évoquer ces difficultés, le président de la FPF, le pasteur Jean-Arnold de Clermont, a rencontré le le Premier ministre Jean-Pierre Raffarin. Parmi les difficultés évoquées, se trouvent les problèmes des compagnies d'assurances qui "résilient leurs contrats avec des associations cultuelles ou en lien avec le protestantisme sous prétexte qu'elles ne veulent pas assurer le risque religieux"."J'ai senti de la part du Premier ministre une très bonne écoute et sa volonté que le protestantisme ne se sente pas discriminé", a affirmé le pasteur Jean-Arnold de Clermont. Il propose la mise en place d'une rencontre annuelle avec le gouvernement pour évoquer les dossiers administratifs et les sujets de société.